食品安全性也是轉基因植物安全性評價的一個重要方面。經合組織1993年提出了食品安全性評價的實質等同性原則。如果轉基因植物生產的產品與傳統產品具有實質等同性，則可以認為是安全的。如轉病毒外殼蛋白基因的抗病毒植物及其產品與田間感染病毒的植物生產的產品都帶有外殼蛋白，這類產品應該認為是安全的。若轉基因植物生產的產品與傳統產品不存在實質等同性，則應進行嚴格的安全性評價。在進行實質等同性評價時，一般需要考慮以下一些主要方面。

有毒物質。必須確保轉入外源基因或基因產物對人畜無毒。如轉Bt殺蟲基因玉米除含有Bt殺蟲蛋白外，與傳統玉米在營養物質含量等方面具有實質等同性。要評價它作為飼料或食品的安全性，則應集中研究Bt蛋白對人畜的安全性。目前已有大量的實驗數據證明Bt蛋白只對少數目標昆蟲有毒，對人畜絕對安全。

過敏源。在自然條件下存在著許多過敏源。在基因工程中如果將控制過敏源形成的基因轉入新的植物中，則會對過敏人群造成不利的影響。所以，轉入過敏源基因的植物不能批準商品化。如美國有人將巴西堅果中的2S清蛋白基因轉入大豆，雖然使大豆的含硫氨基酸增加，但也未獲批準進入商品化生產。另外還要考慮營養物質和抗營養因子的含量等。